Am “saubersten” ist es sicher die Milch frisch...
Aus deiner eigenen Erkenntnis folgt quasi schon die Antwort. Alle Verpackung haben ihre Vor- und Nachteile. Aber keine ist so gravierend, dass sie nicht bedeutungslos wird hinter der Frage "Wo kommt die Milch her und wie weit wurde sie transportiert?".
Also wenn du nicht gerade den Bauern in der Nachbarschaft hast, der direkt in Mehrwegflaschen oder Tetrapacks verkauft, sollte dir die Frage keine Sorgen machen.
(Nur am Rande zum Thema passend aber: siehe auch die Einwegflaschendiskussion um Lidl. Selbst unser Mehrweg-Pfand-System hat noch genug ungenutzten Spielraum für Optimierungen, dass Lidl es geschafft hat mit einem optimierten Einwegsystem bessere Ergebnisse zu erzielen. Die gesamte Diskussion, welche Verpackung besser für die umwelt ist hängt also immer an den Details.)>